После того как члены первого крестового похода появились в Малой Азии, армяне начали развивать отношения с Европейскими Государствами крестоносцев, процветающими в юго-восточный части Малой Азии, пока последние не были завоёваны мусульманскими государствами. Граф Балдуин I Иерусалимский, который вместе с остальными крестоносцами переправлялся через Малую Азию в Иерусалим, покинул армию Крестоносцев и получил приют у Тороса, армянского правителя Эдессаы, исповедовавшего православие. Поскольку армяне считались врагами и сельджукам и так же имели неприязненные отношения с византийцами, они благожелательно отнеслись к графу крестоносцев, и, когда Торос был убит, Балдуин был сделан правителем нового Эдесского Графства крестоносцев. По всей видимости армянам нравилось правление Балдуина и крестоносцев вообще, по этому многие из них воевали бок о бок с христианами Европы. После того, как Антиохия была взята в 1097 году, Константин, сын Рубена, получил от крестоносцев баронский титул.
Проваленный Третий крестовый поход и некоторые другие события, сделали Киликию единственной значимой, присутствующей на Ближнем Востоке христианской страной. Такие мировые силы, как Византия, Священная Римская Империя, папство и даже Аббасидский халиф соперничали за влияние над Киликией, каждый стремился стать первым, кто признает принца Малой Армении Левона II из династии Хетумидов законным королём. В результате, 6 января 1198 года в городе Тарс, он был коронован и провозглашён царём и Германской и Византийской империями. На коронации Левона II присутствовали представители и христианских, и нескольких мусульманских стран, таким образом подчеркнув значительное положение, которые приобрела Киликия. Армянское правительство бывало в частом контакте с крестоносцами и, определённо, оказывало содействие и в других крестовых походах. Являясь единственным средневековым армянским государством, Киликия значительно процветала под армянским правлением. Поскольку короли Киликии звались королями армян, а не киликийцев, страна окончательно приобрела армянскую идентичность. В Малой Армении армянская культура переплеталась как с европейской культурой крестоносцев, так и эллинистической культурой Киликии.
Как только католические семьи начали распространять своё влияние на Киликию, Папа римский захотел, чтобы армяне приняли католичество. Эта ситуация разделила население царства на прокатолические и проапостольские лагеря. Армянская независимость продлилась до 1375 года, когда египетские мамлюки во главе с султаном Ша-баном, воспользовавшись нестабильной ситуацией в Малой Армении, разрушили её. Последний царь, Левон VI, из рода Лузиньянов, но с материнской стороны Рубенид, освободившись из египетского плена, уехал в Париж, где скончался в 1393 году. С этого времени Киликийская Армения стала зависимым государством и перешла в 1403 году от египетских султанов под власть Караманидов, в 1508 году персов и, наконец, в 1522 и 1574 годах — под власть османов.